Direct RNA測(cè)序是一種無需先將RNA分子逆轉(zhuǎn)錄為互補(bǔ)DNA(cDNA),即可直接對(duì)RNA分子進(jìn)行測(cè)序的技術(shù)?;贜anopore測(cè)序平臺(tái),能夠直接讀取全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本,避免了傳統(tǒng)RNA測(cè)序中需要的反轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增步驟,從而減少了測(cè)序偏好性和可能引入的偏差。應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組分析、RNA修飾研究、疾病診斷和治療等方面。
無需逆轉(zhuǎn)錄:避免了逆轉(zhuǎn)錄過程中可能引入的偏差和錯(cuò)誤,能夠更準(zhǔn)確地反映RNA轉(zhuǎn)錄本的真實(shí)情況,尤其是對(duì)于低豐度的轉(zhuǎn)錄本和具有復(fù)雜結(jié)構(gòu)的RNA分子,如非編碼RNA、環(huán)狀RNA等,其檢測(cè)效果更為顯著。
單分子分辨率:可以對(duì)單個(gè)RNA分子進(jìn)行測(cè)序和分析,能夠捕捉到RNA分子的異質(zhì)性,如轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的差異、poly(A)尾長(zhǎng)度的變化、RNA修飾的動(dòng)態(tài)變化等,有助于深入了解RNA的生物學(xué)功能和調(diào)控機(jī)制。
直接檢測(cè)RNA修飾:能夠直接識(shí)別和定位RNA分子上的各種修飾位點(diǎn),如甲基化、假尿嘧啶化等,為研究RNA的表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)提供了有力的工具,有助于揭示RNA修飾在基因表達(dá)調(diào)控、細(xì)胞分化、疾病發(fā)生發(fā)展等過程中的重要作用。
長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序:可產(chǎn)生較長(zhǎng)的測(cè)序讀長(zhǎng),能夠跨越整個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄本,包括5'UTR、編碼區(qū)和3'UTR等,從而獲得全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄本的序列信息,有利于研究基因的可變剪接、融合轉(zhuǎn)錄本的形成以及復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體,對(duì)于解析轉(zhuǎn)錄組的復(fù)雜性和多樣性具有重要意義。
細(xì)胞:≥1x106個(gè)
動(dòng)物組織:≥1g
植物組織:≥3g
真核微生物:≥300mg/106
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